สํานักวิชาวิศวกรรมศาสตร์กําหนดโครงสร้างการบริหารตามพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยเทคโนโลยีสุรนารี เมื่อ พ.ศ. 2533 โดยปัจจุบันหน่วยงานย่อยของสํานักวิชาวิศวกรรมศาสตร์ ประกอบด้วย สํานักงานคณบดี สถานวิจัย สถานนวัตกรรมวิศวศึกษา สถานพันธกิจสากลสัมพันธ์ และสาขาวิชาต่าง ๆ โดยมีคณะกรรมการประจําสํานักวิชาวิศวกรรมศาสตร์เป็นองค์คณะที่ทําหน้าที่กําหนดนโยบายและกํากับดูแลการบริหารจัดการของ สํานักวิชาวิศวกรรมศาสตร์ในทุกเรื่องที่เกี่ยวข้อง